集团总部共设19个部门（中心、事业部），拥有各级子、分公司共计34家，参股公司21家。
其中集团总部部门包括：
业务部门11个：
董事会办公室、总经办/综合办公室、企业管理部、投资与资本运营部、财务管理部（结算中心）、人力资源部、法律合规部、审计部/监事会工作部、安全监察部、地保保卫部、规划与智慧城轨部
党口部门5个：
党委办公室/党委组织部、党委宣传部（融媒体中心）、工会办公室、团委办公室、纪检监察室
二层机构2个：
培训中心（培训公司）、档案中心
业务型事业部1个：
公共交通运营管理事业部
分公司1家：
资源开发分公司
二级全资子公司8家：
南宁轨道交通建设有限公司
南宁轨道交通运营有限公司
南宁轨道地产集团有限责任公司
南宁铁路枢纽投资有限公司
南宁公共交通集团有限公司
南宁轨道交通二号线建设有限公司
南宁轨道交通五号线建设有限公司
南宁轨道交通二号线东延工程建设有限公司
二级控股子公司5家：
南宁市市民卡信息服务有限责任公司
南宁轨道江南混凝土有限公司
南宁轨道交通三号线建设有限公司
南宁轨道交通四号线建设有限公司
广西城轨工程建设有限公司
三级全资子公司18家：
南宁轨道地产建筑工程有限责任公司
南宁轨道地产商业运营有限责任公司
南宁轨道地产物业服务有限责任公司
南宁市海茵房地产开发有限责任公司
南宁市城展房地产开发有限责任公司
南宁轨道地产置业咨询有限责任公司
南宁轨道混凝土有限公司
南宁轨道锦绣中尧房地产有限公司
南宁金盛兴房地产开发有限公司
南宁轨道瑞世天和房地产有限公司
南宁邕城公共交通有限公司
南宁公交出租汽车有限公司
南宁市金盾道路清障有限责任公司
南宁慧泊停车场服务有限责任公司
广西慧德物业服务有限责任公司
南宁丽邕投资发展有限责任公司
广西城通工程咨询有限责任公司
南宁轨道交通六号线建设有限公司
三级控股子公司2家：
南宁公交再生资源有限公司
广西天天快充充电桩服务有限责任公司
参股公司21家：
南宁中车轨道交通装备有限公司
南宁中铁广发轨道装备有限公司
广西南宁机场综合交通枢纽建设有限公司
广州轨道教育科技股份有限公司
云宝宝大数据产业发展有限责任公司
广西交控智维科技发展有限公司
宝信软件（广西）有限公司
南宁联培人才教育科技有限公司
广西众合智控科技有限公司
佳都创智科技有限公司
中铁北部湾勘察设计有限公司
南宁华信房地产开发有限公司
南宁市华信小额贷款有限公司
南宁市中联圆梦房屋置换有限责任公司
中房集团联合投资股份有限公司
南宁轨道华润置地有限公司
南宁白马公共交通有限公司
南宁市白马快速公交有限公司
南宁市白马二号线快速公交有限公司
广西咪付智慧科技有限公司
广西轨交智维科技有限公司
